机组控制器是一种用于控制柴油发电机组运行的设备，自启动和全自动是两种不同的运行模式。具体区别如下：
1. 自启动模式：在自启动模式下，机组控制器只能在接收到外部启动信号后才能启动柴油发电机组。这种模式适用于需要手动控制发电机组启动的场合，如紧急备用电源时。
2. 全自动模式：在全自动模式下，机组控制器可以根据需要自动启动柴油发电机组，并实现自动切换。这种模式适用于需要自动控制发电机组启动的场合，如自动备用电源时。
总之，自启动模式下机组控制器需要外部启动信号才能启动发电机组，而全自动模式下机组控制器可以根据需要自动启动发电机组，实现自动切换。需要根据实际情况选择适合的运行模式。